Pokémon Crystal jest ulepszona od Gold i Silver o dość małe, jednak przydatne i ciekawe elementy. Po raz pierwszy na początku gry spotykamy się z wyborem naszej płci, czy chcemy być trenerem czy trenerką. Poznajemy nowy region Johto, w którym roi się aż 100 nowych Pokemonów, a także wracamy do Kanto by stoczyć walki z tamtejszymi liderami. Ogólnie mamy aż 16 odznak do zdobycia.
Tradycyjnie jako młodzi trenerzy musimy dokonać wyboru naszego startera, Chikorita - typ trawiasty, Cyndaquil - typ ognisty oraz Totodile - typ wodny.

Game Boy Color oferuje o wiele większe możliwości, więc je wykorzystano. Świetnie zaprojektowane miejsca oraz Pokemony, sprawiają że chce nam się jeszcze bardziej grać. Trzeba wspomnieć, że jest to najdłuższa gra Pokémon jaką wydano. Ulepszono także plecak, teraz jeśli czegoś szukamy wystarczy, że zajrzymy do odpowiedniej kieszonki. W grze mamy także dostępne nowe funkcje np. dawanie Pokémonom przedmiotów wzmacniających, PokeRadio,PokeGear, nowy wygląd Pokedexa i wiele innych. W Crystalu także na początku walki możemy ujrzeć krótką animację Pokémona z którym walczymy.

Nie zapomniano także o wykorzystaniu Link Cable, możemy się pojedynkować i przesyłać stworki ze starszych wersji, oraz zobaczyć je na telewizorze wykorzystując Nintendo64 i Pokémon Stadium 2.